Várias versões foram produzidas como o He 177A-3/R3 que podia carregar três mísseis Hs 293, o He 177A-3/R5 com uma arma de 75mm na gôndola ventral e o He 177A-3/R7 que era um bombardeiro torpedeiro. Alguns He 177A-3 foram utilizados para abastercer as tropas alemãs cercadas em Stalingrado. O He 177A-5 tinha asas mais fores que o permitiam carregar maior peso nelas. O He 177A-5 foi o ultimo a servir com a Luftwaffe, mas muitos projetos continuaram aparecendo como uma versão do He 177que deveria carregar a bomba atômica alemã.