Onze aeronaves JU 290 A-5 com maior blindagem e canhões de 20mm foram entregues ao FGRr 5 em 1944. Uma dúzia das variações Ju 290 A -7 eram verdadeiros aviões anti-navios, capazes de carregar até três Henschel Hs 293 ou armas Fritz X sob a fuselagem ou a asa. Também havia uma nova seção no nariz com uma arma de 20mm e um equipamento de rádio Fug 200. Apenas três Junkers Ju 290 A-9, com menor blindagem, menos armamento e alcance de 8.000km, foram produzidos.